第二節一念無明從何處來？
第一則某師云︰《一念無明、六根，從見聞覺知靈性來。見佛性後，一念無明、六根皆變為佛性，所以一念無明不能斷。》（1-23）
又云：《一念無明是有知有覺，有生有滅，就是從靈性裡面起一個妄念，謂之一念無明。》（1-12）
又云：《一念無明不可破，明心見性後變為佛性。》（9-184）
又云：《無始無明與一念無明之分別，不同之點：無始無明是無知無覺，無生無滅，空洞黑暗，無善無惡，一無所有，是可以破的。一念無明是有知有覺，有生有滅，就是從靈性裡面起一個妄念，謂之一念無明。無始無明是無知無覺，無始有終，可以打破。一念無明是有知有覺，無始無終，是不可破的，悟後變為佛性。》（1-12、8-15）
又云：《一念無明又名一念妄動性，是不覺的起了念頭之謂。 》（11-82）
辨正：第一點、他說「一念無明、六根，從見聞覺知靈性來。」這樣的說法，和外道的說法相同。一念無明是四種住地煩惱，它從阿賴耶識中與七識相應之煩惱種子來，不是從見聞覺知靈性來。六根是由阿賴耶識以及父精母血三事和合而生，不是從見聞覺知靈性而生。
見聞覺知靈性是從有六根之後才有，因此見聞覺知靈性不能出生六根。見聞覺知靈性是由阿賴耶識配合五根六識七識而生，見聞覺知靈性是因為阿賴耶識中一念無明煩惱種子業力的緣故，受取五蘊身而生。見聞覺知靈性是從五蘊及阿賴耶識的種子而生，不可以顛倒說。
《菩薩瓔珞本業經》卷下云︰「起欲界惑，名欲界住地。起色界惑，名色界住地。起心惑，故名無色界住地。以此四住地起一切煩惱故，為始起四住地。」那就是說這四種住地煩惱都由阿賴耶識中四住地煩惱種子而生，不是從見聞覺知靈性來。
第二點、此師又說「見佛性後一念無明、六根皆變為佛性。」這句話是大錯特錯了。那麼前面我們已經有說明了，這裡再提出一些補充說明。如果見佛性以後，一念無明及六根會變為佛性的話，那麼佛性應非本有。佛性既非本有，那就是修得。如果是因修而得，不是本有，將來必定會散壞。
此外，「見佛性後一念無明及六根皆變為佛性」這句話有語病，因為經典中 世尊所說的是佛性本有，既然是佛性本有，又何必要將一念無明和六根變為佛性呢？如果見性以後要將六根和一念無明變為佛性，那麼這些變來的佛性加入原有的佛性，那佛性就變成有增減。如果有本有的佛性和見性後變來的佛性，那眾生的佛性是二，由二合併為一。這樣的說法與理不相應，與 佛說經典相違背。既然是見性的人就不應該說這一種未見性的人所說的話。
第二則某師云︰《以上所述係中乘破妄念無明境界。滅時是破，但一動念又生，總是破不了。斷妄念是暫時的，難持永久，更與破無始無明見佛性迥然不同。》（3-38）
辨正：在佛法中沒有妄念無明這個名詞。依照此師的說詞，我們知道他所謂妄念無明就是指一念無明。但是他不知道聲聞阿羅漢與緣覺辟支佛的境界什麼地方相同？什麼地方不相同？所以才會有這樣的說法。
阿羅漢與辟支佛的共道，都是同樣斷盡一念無明而取證涅槃。兩者的不共道在於聲聞是從斷煩惱及明五蘊空而得解脫，辟支佛則是深入十二因緣觀，而了知生命輪迴根本，乃是在於阿賴耶識的煩惱種子——無明，雖然知道有阿賴耶識，但找不到祂。
十二因緣觀比起四聖諦、四念處觀要來得深細，這不是阿羅漢之所能知。但是不論阿羅漢或辟支佛都已經永斷妄念妄想。因為四住地的煩惱已經斷盡的緣故；梵行已立，所作已辦，不受後有的緣故；如果說阿羅漢、辟支佛斷盡一念無明之後，過一段時間又會生起妄念的話，這不是真正的阿羅漢與辟支佛，而是修定或者是自己幻想的境界。
在四阿含中 世尊曾經明確開示：「阿羅漢比丘，諸漏已盡，所作已辦，盡諸有結，心善解脫，解脫知見知如真。」所以不但小乘阿羅漢永斷妄想妄念，中乘辟支佛也永斷妄想妄念。所以一念無明是可以永斷的，不是此師所說的無始無終。
《大般涅槃經》卷 34云：「煩惱亦爾，阿羅漢斷，終不還生。」《勝鬘經》云：「阿羅漢辟支佛斷四種住地。」所以四種住地煩惱如果已經斷盡，永無妄想妄念，不可能斷了又生一念。是故，說「辟支佛斷一念無明之後還會再起妄念」的人，就是毀謗 世尊，不解 佛所說意。